감염내과에서는 병원의 다른 과에 입원한 환자들이 감염과 관련된 문제가 생겼을 때 진단과 항생제 처방에 대해서 자문 역할을 하고 있다. 따라서 감염내과 이외에 다른 과에 입원하더라도 감염내과 의사를 종종 접할 수 있는데 감염내과 협진을 받음으로써 원인균을 보다 정확히 파악하여 적절한 항생제로 치료받는 데 도움을 받을 수 있다. 감염내과 의사는 정확한 진단과 적절한 항생제 처방으로 병원 내 내성균의 출현을 억제하고 병원 감염을 줄이기 위해 노력한다. 대부분의 병원은 광범위 항생제를 쓰기 전에 감염내과 의사의 승인을 받도록 하는 항생제 승인제도를 채택하여 항생제의 오남용을 경계하고 있다.